Нападение было совершено, когда чиновник совершал свой обычный путь из Барвихи, где он живет, на Тверскую улицу, в здание мэрии Москвы. Когда автомобиль "Ниссан максимум" въехал в Леонтьевский переулок и поравнялся с домом ╧ 12, раздались выстрелы. Киллеров было, как минимум, двое. Водитель Иван Петрин скончался на месте. Иосиф Орджоникидзе получил ранения в живот и бедро. Убийцы были уверены в том, что чиновник уже мертв. Они бросили оружие на месте преступления и скрылись. Однако пострадавшему удалось самостоятельно выбраться из машины. Он вошел в ближайший магазин и оттуда вызвал милицию и скорую помощь.
Место преступления было сразу оцеплено сотрудниками милиции, после чего около четырех часов в Леонтьевском переулке работала оперативно-следственная группа. Судя по всему, преступники ждали свою жертву в автомобиле ВАЗ-2106. Киллеры оставили внутри машины автомат Калашникова с подствольным гранатометом. По некоторым данным, убийцы использовали бронебойные пули калибра 7,62. Впоследствии автомобиль вице-премьера и "Жигули" киллеров были эвакуированы для более тщательного изучения. Оперативники изъяли также пленку из видеокамеры, установленной на одном из соседних зданий. Вполне возможно, что в ее поле зрения попали лица киллеров или само преступление.
Штаб по раскрытию дерзкого преступления работает в здании 83-го отделения милиции. В состав штаба вошли не только представители следственной группы, но и столичной мэрии. Пока работа штаба проходит в обстановке секретности, и от каких-либо комментариев следователи категорически отказываются. Но, как заявляют источники в городской администрации и следственных органах, основная версия случившегося одна ≈ покушение на вице-премьера связано с его профессиональной деятельностью.
Сразу после покушения, Иосиф Орджоникидзе в машине скорой помощи был доставлен в институт Склифосовского. Операция, начавшаяся около 10 часов утра, длилась более пяти часов. Сейчас вице-премьер находится в послеоперационной палате, и его состояние оценивается как средней тяжести. Пройдя через бедро, пуля калибра 7,62 застряла в тканях желудка. Извлекать пулю медики не стали, поскольку опасности для жизни она не представляет. В ближайшие дни Иосиф Орджоникидзе будет получать медицинскую помощь в НИИ Склифосовского. У входа в его палату выставлена охрана. По меньшей мере, сутки рядом с вице-премьером постоянно будут находиться трое бойцов столичного ОМОНа.