По версии следствия, в 1992 году Глущенко, будучи депутатом Госдумы и имея связи в криминальной среде, обеспечивал безопасность бизнеса братьев Вячеслава и Сергея Шевченко, за что получал около 50 тысяч долларов в месяц. В 2003 году, когда Глущенко уехал из России, Шевченко сообщил ему, что прекращает выплаты, на что экс-депутат начал угрожать бизнесмену и якобы требовать единовременной выплаты в 10 миллионов долларов или передачи ему АО "Метрополь", которое принадлежало семье Шевченко.
По версии следствия, Глущенко организовал убийство Шевченко, чтобы запугать семью бизнесмена, а также решил убить его партнера Зорина и переводчицу. Данное уголовное дело было возбуждено по ст. 105("Убийство двух и более лиц") УК РФ и Глущенко в 2009 году предъявили обвинение. Теперь Глущенко обвиняют по статье "Организация убийства группой лиц по предварительному сговору, сопряженному с вымогательством", но, по словам, адвоката Афанасьева, фабула обвинения не изменилась, и при этом "отсутствуют какие-либо доказательства".
Защитник добавил, что показания против Глущенко также дал главарь действовавшей в Санкт-Петербурге "тамбовской" ОПГ Владимир Барсуков (Кумарин), также проходивший по делу об убийстве Старовойтовой.
Помимо срока по делу Старовойтовой, 1 марта 2012 года Глущенко приговорили к восьми годам лишения свободы по обвинению в вымогательстве в особо крупных размерах у братьев Шевченко.
Убийство Галины Старовойтовой
Депутат Государственной думы и один из лидеров партии "Демократическая Россия" Галина Старовойтова была застрелена 20 ноября 1998 года в подъезде своего дома на набережной канала Грибоедова в Петербурге. Также ранения получил помощник Старовойтовой Руслан Линьков, которому удалось выжить.
По факту убийства было возбуждено уголовное дело по ст. 277 Уголовного кодекса РФ ("Посягательство на жизнь государственного или общественного деятеля"). За время расследования были допрошены более тысячи свидетелей, проведено свыше ста экспертиз. В сентябре 2002 года правоохранители заявили, что установили лиц, подозреваемых в причастности к убийству. Были арестованы шесть человек: отставной прапорщик ГРУ Генштаба Юрий Колчин и сотрудники петербургского охранного предприятия "Благоверный князь Александр Невский" Алексей Воронин, Юрий Ионов, Виталий Акишин, Игорь Лелявин и Игорь Краснов. В розыске с 2002 года также находятся Сергей Мусин, Олег Федосов и Игорь Богданов.
В 2005 году Колчин получил 20 лет колонии, а киллера Акишина приговорили к 23,5 года колонии. Его опознал помощник Старовойтовой Линьков. Двое подсудимых - Краснов (по версии следователей, он помогал устанавливать "прослушку" перед убийством) и Ионов были оправданы судом. Еще двое - Воронин и Лелявин были освобождены в связи с истечением срока давности преступления.
В 2011 году Колчин, отбывая наказание в колонии строгого режима, назвал заказчиком убийства Старовойтовой Михаила Глущенко, который на момент преступления являлся Депутатом Госдумы от партии ЛДПР, а также входил в "тамбовскую" ОПГ под кличкой Миша Хохол. Однако следствие тогда не нашло других доказательств причастности Глущенко к убийству Старовойтовой.
Осенью 2012 года управление ФСБ по Петербургу и Ленобласти сообщило о возобновлении расследования уголовного дела об убийстве Старовойтовой. В следующем году Глущенко предъявили обвинение по ст. 30 и ст. 277 УК РФ ("Пособничество посягательству на жизнь государственного или общественного деятеля").
24 апреля 2014 года Глущенко сознался в убийстве Старовойтовой, дал подробные показания об организации и подготовке этого преступления. Он также назвал и второго соучастника убийства - главаря "тамбовской" ОПГ Владимира Барсукова (Кумарина), который ранее был оправдан судом присяжных.
В последнем слове на судебном процессе Глущенко утверждал, что согласился на преступление из-за опасений за свою жизнь и жизнь близких.
Спустя год Глущенко вынесли приговор по делу об убийстве Старовойтовой. По совокупности с прошлым наказанием суд назначил ему 17 лет лишения свободы в колонии строгого режима и штраф в 300 тысяч рублей.
Мотивы громкого политического убийства так и не были установлены, но выдвигались различные версии. Например, обращалось внимание на то, что Старовойтову застрелили во время предвыборной кампании.
Также в прессе сообщалось, что Кумарин, которого первоначально сочли заказчиком убийства Старовойтовой, был тесно связан со спецслужбами и крупными чиновниками.