По сведениям правоохранительных органов, являясь сторонником идей исламского экстремизма, в 95-96-м годах Абубакаров принимал участие в боевых действиях в Чечне. Особый интерес вызвал у оперативников тот период жизни задержанного, когда он проходил подготовку в учебном лагере полевого командира Хаттаба. После завершения обучения Магомед Абубакаров командовал отрядом специального назначения в составе незаконных вооруженных формирований.
В 1999 году чеченский боевик был задержан в городе Владимире. Тогда его подозревали в причастности к вербовке наемников для участия в боевых действиях на Северном Кавказе.