По сведениям пресс-службы Верховного суда Таджикистана, подсудимый обвиняется по ряду статей уголовного кодекса. Бобоев с июня 1997 года по август 1998 года занимал пост председателя комитета по чрезвычайным ситуациям Республики Таджикистан, затем до декабря 2001 года - являлся председателем хукумата Шахринавского района. Используя служебное положение, он присваивал и незаконно хранил огнестрельное оружие.
Органами Генеральной прокуратуры Республики Таджикистан установлено, что подсудимый с июля по ноябрь 2001 года был замешан в заказных убийствах. По словам судьи Верховного суда Таджикистан Муриддина Расулова, "судебный процесс над Бобоевым продлится еще несколько дней".