"Только одно слово - травля", - сказал агентству танцовщик, отказавшись давать более развернутые комментарии.
Конфликтные отношения руководства театра и артиста стали достоянием широкой общественности в 2011 году, когда Цискаридзе публично раскритиковал административную верхушку ГАБТа за качество проведенной реконструкции исторической сцены. Впоследствии артист еще не раз позволял себе открытые критические высказывания в адрес администрации театра.
Противостояние между руководством и танцовщиком обострилось после нападения на худрука балетной труппы Сергея Филина в январе этого года. Тогда в СМИ прошла информация, что Цискаридзе мог быть причастным к происшествию. Некоторые издания сообщили, что, по мнению танцовщика, пресс-служба и гендиректор театра Анатолий Иксанов используют ситуацию в личных целях, обвиняя людей, работающих в театре, в причастности к этой трагедии. Администрация ГАБТ заявляла, что не ведет кампании против Цискаридзе.
В конце марта артист подал иск к Большому театру с требованием отменить дисциплинарные взыскания в виде выговоров, которые были сделаны ему дважды в феврале этого года - оба за интервью, данные танцовщиком без согласия руководства ГАБТа. Суд, прошедший 12 апреля, частично удовлетворил иск Цискаридзе: один выговор был снят. Второй, полученный Цискаридзе после интервью BBC, оставлен. Цискаридзе объявил, что он намерен обжаловать решение.
Премьер балетной труппы Большого пришел в театр в 1992 году. С 1995 года исполнял главные партии в балетах "Щелкунчик", "Спящая красавица", "Лебединой озеро" и "Пиковая дама" Петра Чайковского, "Баядерка" Людвига Минкуса, "Паганини" на музыку Сергея Рахманинова, "Дочь фараона" Цезаря Пуни и др. В 2001 году был первым исполнителем Злого Гения в "Лебедином озере" Чайковского (вторая редакция Юрия Григоровича), Германна в "Пиковой даме" (постановка Ролана Пети). Первый исполнитель в Большом театре партии Квазимодо в "Соборе Парижской Богоматери" Мориса Жарра (постановка Ролана Пети) в 2003 году. С сентября 2004 года Николай Цискаридзе является педагогом репетитором Московской академии хореографии и ведет класс в Большом театре. В 2001 году ему было присвоено звание Народный артист РФ.