Микаэлян был одним из ведущих режиссеров старейшей кинофабрики страны, где он работал с 1961 года. Его называли "совестью "Ленфильма". За эти годы им сняты фильмы "Разноцветные камешки", "Принимаю бой", "Иду на грозу", "Всего одна жизнь", "Гроссмейстер".
Участник Великой Отечественной войны, он глубоко воплотил эту тему в фильме "Вдовы". Картина была удостоена призов четырех кинофестивалей, в 1976 ее назвали лучшим фильмом года в Польше и на Кубе.
Одним из самых известных фильмов Микаэляна была картина "Влюблен по собственному желанию" (1982) с Олегом Янковским в главной роли, удостоенная главного приза 16-го Всесоюзного кинофестиваля. В последние годы режиссер снял фильмы "Рейс 222", "Разговорчивый жених", "Французский вальс", "Звездочка моя ненаглядная". Среди наград Микаэляна - звание лауреата Государственной премии СССР.