Харун Фароки родился в 1944 году на территории современной Чехии (тогда - часть Германии), в 1960-х учился в Академии кино и телевидения в Западном Берлине, в 1974-1984 годах занимался кинокритикой в Мюнхене, в 1990-е преподавал в Калифорнийском университете в Беркли. В последние годы жизни преподавал в Венской академии изобразительных искусств.
Еще со студенческих лет сформировался стиль документалистики Фароки - резко критической по отношению к масс-медиа и тому, как визуальные образы формируют современный мир и его идеологию.
Фароки давал зрителю возможность сравнивать элементы, компонуемые параллельно друг другу. При этом большинство его работ лишены "голоса за кадром", он дает возможность изображениям говорить самим за себя.
"Он всегда начинал с того, что его на самом деле интересовало. Например, толчком к созданию работы "Серьезные игры" о компьютерных стимуляторах, которые готовят солдат американской армии к бою, а также помогают раненым реабилитироваться, послужил, как он говорил в одном из интервью, "абсурдный факт": в США при подготовке солдат к военным действиям используют те же компьютерные моделирующие программы, к которым впоследствии прибегают для лечения раненых, вернувшихся домой", пишет "Коммерсант".
Режиссер снял более 90 документальных фильмов, среди которых "Когда-нибудь ты меня тоже полюбишь" (1973), "Между двумя войнами" (1978), "Как видите" (1986), "Картины мира и подписи войны" (1988), "Жить в ФРГ" (1990), "Жесты рук" (1997), "Я думал, что видел заключенных" (2000), "Без риска не бывает" (2004, премия Херберта Квандта). Автор фильмов, посвященных Петеру Вайсу, Петеру Лорре, Жану-Мари Штраубу, Вилему Флуссеру.
Также Харун Фароки был соавтором сценариев фильмов Кристиана Петцольда "Призраки" и "Барбара" ("Серебряный медведь" за лучшую режиссерскую работу на Берлинском кинофестивале в 2012 году).
В 1990-е годы он обратился к современному искусству, участвовал в выставке Documenta 12, его персональные выставки проходили в Новой национальной галерее в Берлине, Нью-Йоркском музее современного искусства, Тель-Авивском музее изобразительных искусств, Музее Людвига в Кельне, Тейт Модерн и других музеях мира.