Палестинские силы самообороны с составе нескольких десятков тысяч полицейских осуществляют в настоящее время контроль над территориями в тесном контакте с израильской армией. Израиль контролирует все важнейшие стратегические высоты, водные источники, а также до 2005 года осуществлял охрану еврейских поселенцев.
В рамках автономии после 1994 года созданы палестинские органы власти.
В 2002 тогдашний глава Палестинской национальной администрации Ясир Арафат подписал «Основной закон», устанавливающий систему организации палестинской власти. Он закрепил существование фактического режима президентской республики.
Палестинскую национальную администрацию возглавляет президент, избираемый населением в ходе прямых выборов. Он является также главнокомандующим вооруженными силами автономии. Пост президента с 1994 до смерти в 2004 занимал Арафат. На президентских выборах в январе 2005 на этот пост избран Махмуд Аббас.
Высшим органом законодательной власти является Палестинский Законодательный совет. В него изначально входили 89 членов: президент и 88 депутатов, избираемых по 16 многомандатным округам.
Законодательный совет призван утверждать назначенного президентом премьер-министра и членов правительственного кабинета, представленных премьер-министром. Он вправе выразить министрам вотум недоверия.
Первые выборы в Законодательный совет состоялись в 1996. Избранный в январе 2006 года совет должен состоять из 132 депутатов.
Исполнительная власть в автономии осуществляется президентом и правительством. Согласно дополнению 2003 к "Основному закону", президент назначает премьер-министра, который является также главой служб национальной безопасности.
Премьер-министр формирует правительство (кабинет) и ответственен перед президентом. Пост премьер-министра с 2003 занимает Ахмед Курейи.
На местном уровне власть принадлежит выборным муниципальным советам.
Судебная власть, организация которой предусматривается "Основным законом", пока еще официально не сформирована.