Пострадавшие в результате теракта, объединившиеся в комитет «Матери Беслана» выразили тогда недоверие прокурору Шепелю. Они упрекали его в том, что прокурор «добавляет политическую подоплеку в расследование уголовного дела». В первую очередь эти обвинения относились к расследованию действий оперативного штаба, который, по мнению пострадавших, проявил бездействие и должен ответить за гибель людей. В частности, «Матери Беслана» выражали недоверие к результатам назначенной следствием ситуационной экспертизой, которая должна была оценить действия штаба и руководителей силовых структур.
Недовольство потерпевших в бесланском теракте вызывало также то, что Николай Шепель так и не возбудил уголовные дела по факту применения огнеметов и танков во время штурма школы, в которой находились заложники. Позже, во время суда над единственным уцелевшим участником терракта Нурпаши Кулаевым, Шепель потребовал у суда для него высшей меры. Это заявление заместителя генпрокурора вызвало негодование уже у правозащитников.
Знаменитый правовед Александр Яковлев, ректор Нового юридического института так прокомментировал действия Шепеля: "Суд может поступить только по закону. А по закону у нас действует мораторий на смертную казнь, в связи с чем суд может приговорить Кулаева только к пожизненному заключению." А адвокат Генри Резник упрекнул прокурора в том, что он "запамятовал о том, что у нас уже десять лет действует мораторий на смертную казнь… и проигнорировал решение Конституционного суда о моратории на смертную казнь до тех пор, пока на всей территории России начнут действовать суды присяжных. Кроме того, смертная казнь приостановлена указом президента."
Генеральная прокуратура, а именно заместитель генерального прокурора Владимир Колесников (в отставке с июля 2006 года) выезжал в Беслан после встречи Владимира Путина с "Матерями Беслана" (где они вновь выразили недоверие возглавлявшему расследование Николаю Шепелю). Впрочем, он лишь подтвердил отказ в возбуждении уголовного дела в отношении лиц, давших команду на штурм захваченной террористами школы.