В 1991 - 1993 годах был заместителем начальника отдела внешнеэкономических связей Ново-Уфимского нефтеперерабатывающего завода. В 1993 года переехал в Москву, где возглавил ОАО "Корус холдинг". Числился на руководящих должностях и в других акционерных обществах.
С сентября 2000 - председатель совета директоров ОАО "Судоходная компания "Волжское пароходство"" (впоследствии ОАО "Волга-Флот", Нижний Новгород). С 2000 - помощник председателя государственного собрания Башкортостана. С 21 декабря 2001 года - представитель в Совете Федерации Федерального Собрания Российской Федерации от Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан. Первый срок полномочий Изместьева закончился в марте 2003 года и был немедленно продлен. Член Комитета Совета Федерации по промышленной политике.
В 2003 году Изместьев был кандидатом на выборах президента Башкирии. В прессе его называли давним соратником главы республики Муртазы Рахимова, также выдвигавшего свою кандидатуру. Изместьев стал инициатором скандала, в результате которого башкирский избирком отказал в регистрации бывшему главе Межпромбанка Сергею Веремеенко – одному из наиболее серьезных конкурентов Рахимова. Накануне выборов Изместьев добровольно снял свою кандидатуру.
30 ноября 2006 года Госсобрание Башкирии приняло решение об отзыве Изместьева из Совета Федерации. Повод: совмещение им работы сенатора с предпринимательской деятельностью. Вопрос о возможном отзыве Изместьева из СФ был внесен в повестку дня Госсобрания по ходатайству членов местного отделения "Единой России" (Изместьев также является членом этой политической партии). Согласно данным башкирских единороссов, он, уже будучи членом СФ, якобы являлся директором зарегистрированной в Москве компании ООО "Брок Трейд Ойл", тогда как по закону "О статусе члена Совета Федерации" сенатор не имеет права заниматься предпринимательской или другой оплачиваемой деятельностью, состоять членом органа управления хозяйственного общества или иной коммерческой организации.
Сам Изместьев назвал свою отставку незаконной и пообещал отстаивать свою правоту в верхней палате российского парламента. По его словам, он действительно был учредителем названной фирмы, но не ее директором, и "все доказательства" того, что он "не совмещал политику и бизнес", были представлены им руководству СФ, президенту Башкирии и Госсобранию. Его даже поддержал спикер СФ Сергей Миронов, который напомнил, что Госсобрание Башкирии не имело права инициировать вопрос об отставке члена Совета Федерации.
Обвинение
Изместьева подозревают в организации убийства летом 2001 года в Москве нотариуса Галины Перепелкиной – супруги его бывшего делового партнера Юрия Бушева. Как утверждает защитник экс-сенатора Владимир Семенцов, этот эпизод появился в деле не случайно: в момент убийства нотариуса Изместьев еще не был членом СФ (он стал им лишь пять месяцев спустя), следовательно, прокуратуре не пришлось бы просить у Верховного суда разрешения на привлечение его к уголовной ответственности.
Кроме того, его обвиняют в уклонении от налогообложения дочерних структур фирмы "Корус-холдинг" (Изместьев возглавлял ее до того, как стал членом Совета федерации) через внутренние офшоры на Байконуре. По мнению следователей, преступление совершалось по той же схеме, по которой "ЮКОС" оптимизировал налогообложение через офшоры ЗАТО "Лесной".
Кроме того, в июне 2006 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело о попытке трех знакомых сенатора Изместьева – бывшего замначальника следственного управления ГУВД Москвы Александра Папахина, отставного генерал-лейтенанта налоговой полиции Александра Баканова и майора ФСБ Дмитрия Кривенко (все трое арестованы) – передать 100 тысяч долларов оперуполномоченному ФСБ Ольге Нужденовой за предоставление плана следствия по делу "Корус-холдинга".
В настоящее время в Мосгорсуде слушается уголовное дело кингисеппской группировки киллеров, в которую входил офицер-подводник Александр Пуманэ. Один из подсудимых по этому делу, Александр Иванов, дал показания о том, что этой группировкой якобы были совершены два убийства в интересах Игоря Изместьева.
Сам Изместьев опроверг эти сведения, назвав опубликованные в прессе статьи "заказными". Тогда же в изданиях "Родная газета" и "Труд" вышли статьи, в которых выражалось негодование по поводу "грязной попытки увязать уголовщину с именем известного человека".
В уголовном деле кингисеппских киллеров - несколько эпизодов, и многие их жертвы в разное время конфликтовали с Изместьевым. Так, 3 апреля 2001 года, в Уфе был застрелен бывший главный бухгалтер ЗАО "Башнефтехимторг " Валерий Сперанский. По некоторым данным у Сперанского был некий компромат на компанию "Корус-холдинг ". Этот компромат Сперанский успел передать столичному нотариусу Галине Перепелкиной. С его помощью она хотела вернуть 20 млн долларов, который "Корус " задолжал ее гражданскому мужу Юрию Бушуеву. Галину Перепелкину убили летом 2001-го, а Юрий Бушуев пережил четыре покушения.
Помимо этого в "послужном списке "кингисеппских " убийства замгендиректора ОАО "Новоуфимский нефтеперерабатывающий завод " Салавата Гайнанова, сотрудника немецкой фирмы "Ронекс " Олега Булатова, главного бухгалтера фирмы "Группа Плаза " Людмилы Красногер и председателя правления фирмы "ВМС- ОКТАН " Василия Хитаришвили. Уже на суде выяснилось, что заказчиком некоторых убийств был Игорь Изместьев. Об этом прямо в суде заявил один из подсудимых—Александр Иванов. С его слов выходит, что будущий сенатор даже возглавлял в 1992—94 годах банду. Когда же Изместьев подался в большую политику и покинул группировку, его место занял Сергей Финагин, брат которого хорошо знал Изместьева.
СМИ Башкирии строили версии, кому может быть выгодно лишение Изместьева места в СФ в декабре 2006 года. По одной из них, инициатором скандала мог быть сын президента Башкирии Урал Рахимов, без одобрения которого "байконурские махинации" якобы не могли произойти. Еще одну версию предложил сам Изместьев, заявив, что за публичной кампанией против него стоят структуры, желающие взять под контроль компанию "Корус".
Тем не менее в декабре 2006 года Совет Федерации досрочно прекратил полномочия Изместьева как сенатора от Госсобрания Башкирии. Согласно сообщению главы комиссии верхней палаты по регламенту и парламентским процедурам Николая Тулаева, это было сделано на основании личного заявления. Изместьев быстро выехал за границу.
16 января 2007 года Игорь Изместьев был задержан в аэропорту города Бишкека (Киргизия) в результате спецоперации сотрудников ФСБ России и отконвоирован в Москву.
Дача на Ильинском шоссе
В апреле 2006 года заместитель главы Росприроднадзора Олег Митволь пригрозил снести принадлежащий Изместьеву дом на Ильинском шоссе в связи с допущенными при строительстве нарушениями природоохранного законодательства, а ранее Верховный суд утвердил решение Мособлсуда о незаконности первичного выделения земельного участка под дом и о его сносе.
По версиии Митволя, глава района разрешил сенатору построить дом в водоохранной зоне, где ничего строить вообще нельзя. СМИ писали, что речь идет о лесном массиве с выходом к Москве-реке напротив расположенной на другом берегу резиденции Владимира Путина "Ново-Oгарево". Риелтеры оценивает землю в этом районе до $50 000 за сотку.
“Президент, который живет с семьей на другом берегу, периодически был свидетелем шумных праздников, шашлыков и фейерверков Изместьева, — рассказывал тогда газете "Ведомостям" депутат Госдумы Александр Хинштейн. — Управделами президента вело переговоры с сенатором о том, чтобы он поменял свой дом на другой. Но его погубила жадность: когда начался торг, он заказал оценку коттеджа в "Райффайзенбанке" и оценил его в 42 млн евро. Тогда законностью строительства и заинтересовался Росприроднадзор”. Пресс-секретарь управделами президента Виктор Хреков факт переговоров с Изместьевым газете не подтвердил.