Государственная нефтяная компания "Роснефть" с самого начала считались самым явным претендентом на "Юганскнефтегаз". Эти подозрения усилились после вхождения компании в "Газпром".
Прибыль "Роснефти" по итогам 2003 года 386 миллионов долларов. Совет директоров компании возглавляет замглавы администрации президента Игорь Сечин.
Ее основная дочерняя компания "Пурнефтегаз" была создана в 1986 году и в 1993 году преобразована в акционерное общество. В мае 1994 года АО "Пурнефтегаз" вошло в состав нефтяной компании "Сиданко" , но уже в начале 1995 года на основании распоряжения правительства государственный пакет акций компании был передан "Роснефти".
В сентябре 1995 года ГП "Роснефть" было акционировано, а в конце 1997 года суд признал правомочными требований "Сиданко" по возврату "Пурнефтегаза". Но компания Владимира Потанина добровольно отказалась от своих притязаний.
Приватизация "Роснефти" была намечена на 1998 год, однако в запланированные сроки не состоялась. В сентябре 1998 года пакет акций "Роснефти" в "Пурнефтегазе" по решению судебных приставов был продан за 10 миллионов долларов для обеспечения погашения долгов "Роснефти". Обжаловать действия приставов в арбитражном суде "Роснефти" не удалось.
Однако в 1998 году случился дефолт, правительство озглавил Евгений Примаков. Он был последовательным сторонником идеи создания на базе "Роснефти" национальной нефтяной компании. В ноябре 1998 года арбитражный суд пересмотрел свое решение и постановил вернуть контрольный пакет "Пурнефтегаза" в "Роснефть". К этому времени госкомпанию возглавлял Сергей Богданчиков.
По данным "Роснефти" , на конец 2003 года года компании принадлежало более 90% голосующих акций "Пурнефтегаза".
"Пурнефтегаз" считается самым "молодым" добывающим предприятием Западной Сибири. Но его добыча нефти падает - в 2003 году "Пурнефтегаз" добыл 9, 86 миллионов тонн - меньше, чем в в 2002 (9, 98 млн). В 2004 году году падение продолжается.
Если вся нефть "Юганскнефтегаза" перейдет под государственный контроль, (например, в руки альянса "Газпром"—"Роснефть"), то у государства появится возможность самому играть на рынке нефтепродуктов, угрожая нефтяным монополистам залить весь рынок дешевым горючим из государственных запасов.
"Роснефть" и является таким рыночно-административным рычагом, хотя она и лишилась "Сиданко", "Сибнефти" и еще ряда структур, отданных в 1995—1996 годах частным владельцам. Теперь, с приобретением "Юганскнефтегаза", эта госнефть имеет все шансы превратиться в крупнейшую в России нефтедобывающую компанию, обладающую активами "Роснефти", "Зарубежнефти" и "Юганскнефтегаза".