В 2004 году Генеральная прокуратура РФ возбудила против руководителей нескольких подконтрольных ЮКОСу трейдерских фирм, в том числе и против Антонио Вальдеса-Гарсиа, уголовное дело по ст. 160 ч. 4 УК ("присвоение или растрата"). Руководителей "Фаргойл" обвинили в хищении 31 млрд. рублей.
Генпрокуратура намеревалась предъявить те же обвинения бывшим акционерам "ЮКОСа" Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву, уже приговоренным к 9 годам лишения свободы.
В июне 2005 года испанец, имеющий двойное, испанское и российское гражданство, прилетел в Россию и был задержан в аэропорту "Шереметьево". Спустя месяц в Генпрокуратуре заявили, что Вальдес-Гарсиа согласился сотрудничать со следствием и включен в программу защиты свидетелей. Закон о защите свидетелей предусматривает, в частности, переселение свидетелей на новое место жительства, замену документов, изменение внешности и смену места работы. Кроме того, закон устанавливает порядок выплаты пособий родственникам защищаемого лица в случае его гибели.
19 августа 2005 года Вальдес-Гарсиа попал в больницу с черепно-мозговой травмой, сотрясением мозга, выбитыми зубами и многочисленными переломами ног. Как рассказали близкие Вальдеса-Гарсии, он был жестоко избит неизвестными.
По версии следствия, Вальдес-Гарсиа, а также обвиняемые по делу Малаховский и Переверзин, продавали нефть юкосовских "дочек" по заниженной цене подконтрольным менеджменту компаниям, а затем перепродавали ее по более высокой цене, в том числе на экспорт.
В результате компании, руководимые обвиняемыми, в 2001-2003 годах получили прибыль в размере 400 млрд. рублей, которую следствие считает похищенной как у самого ЮКОСа, так и его дочерних предприятий (ОАО "Юганскнефтегаз" и других). Потерпевшим по данному делу признано ОАО "Юганскнефтегаз", - ныне принадлежащее компании "Роснефть".
По версии адвокатов ЮКОСа, фирмы, руководимые Вальдесом-Гарсиа, являлась обычной для деловой практики трейдерской компанией. Она скупала нефть у юкосовских дочерних предприятий, но не по заниженной цене, как это трактует следствие. Цена покупки практически не отличалась от среднероссийских цен на нефть. Более того, государственная компания "Роснефть" также закупает нефть у бывшей "дочки" ЮКОСа "Юганскнефтегаза" по одной цене, а продает эту же нефть на экспорт по гораздо более высокой. В 2005 году "Роснефть" заработала на этой операции около 100 млрд. рублей.
В апреле 2006 года судья Басманного суда Елена Ярлыкова начала слушать дело Антонио Вальдеса-Гарсиа и еще двух подсудимых – экс-гендиректора компании "Ратибор" (аффилированной структуры ЮКОСа) Владимира Малаховского и бывшего заместителя директора дирекции внешнего долга ЮКОСа Владимира Переверзина. Судья сделала разбирательство закрытым, мотивируя "интересами обеспечения безопасности его участников".
В конце декабря 2006 года суд перешел к прениям сторон. Прокурор Ирина Шляева попросила суд признать подсудимых виновными в крупном хищении и легализации преступно нажитых капиталов и приговорить к 11 годам заключения каждого. На заседаниях, назначенных после новогодних каникул, должны были выступить адвокаты подсудимых. Но слушания были сорваны, так как обвиняемый Вальдес-Гарсиа исчез.
В Генпрокуратуре надеялись, что приговор подсудимым Вальдесу-Гарсиа, Переверзину и Малаховскому будет вынесен уже в феврале и следствие сможет на него ссылаться в обвинительном заключении по новому делу Михаила Ходорковского и Платона Лебедева.