Руины исторического Иерихона, упоминаемого в Ветхом и Новом заветах, находятся приблизительно в 1,5 км к северо-западу от центра современного Иерихона. Это был, помимо прочего, первый известный в истории город, окруженный стеной.
После войны 1948 года население Иерихона, вошедшего в состав Иордании, пополнилось беженцами, лагеря которых разместились в самом городе и его окрестностях.
Накануне Шестидневной войны население Иерихона, по оценке иорданских властей, составляло около 80 тыс. человек. Взятие израильской армией 7 июня 1967 г. Иерихона и находящихся неподалеку от него мостов через Иордан завершило бои Шестидневной войны на иорданском фронте. При приближении израильских войск большинство проживавших в Иерихоне беженцев ушло в Иорданию.
С 1967 г. по 1994 г. город находился под израильским контролем. С 1993 г. Иерихон, согласно соглашениям в Осло, был выделен в состав Палестинской автономии.
В Иерихоне властями автономии при финансовом участии израильских спонсоров были открыты гостиница для иностранных туристов, казино и тюрьма ПНА. При этом арабам - жителям автономии, согласно указу палестинских властей, категорически запрещалось участвовать в играх; весь персонал казино состоял из граждан европейских стран.
Однако ход урегулирования был прерван, когда в ответ на посещение в то время лидером израильских правых Ариэлем Шароном Храмовой горы в Иерусалиме (которую как иудеи, так и мусульмане считают своей святыней). На палестинских территориях вспыхнула "вторая интифада".
В ходе ее представители экстремистских группировок ("Хамас", "Исламский джихад", "Бригады мучеников Аль-Акса", "Хизбаллах" и НФОП-Главного командования) в 2001 - 2001 годах начали в массовом порядке осуществлять на территории Израиля взрывы бомб, направленные против гражданского населения. Израиль отвечал ракетными и бомбовыми ударами, убийствами палестинских военных лидеров, а также военными операциями. Израильские войска также блокировали резиденцию Арафата в Рамаллахе. В частности, палестинцами обстреливались прилегающие к Иерихону дороги и расположенное в 2 км от города еврейское поселение Веред-Иерихо. При этом здание казино использовалось террористами в качестве огневой точки.
Израиль предпринял ряд ответных мер: Иерихон был подвергнут блокаде, израильские армейские подразделения и силы безопасности провели ряд операций по ликвидации инфраструктуры террора в городе (при этом въезд в Иерихон, как и в другие города автономии, израильским гражданам в целях безопасности был запрещен).
В результате, к 2002 году в Иерихоне и прилегающих районах наступило некоторое затишье. Власти автономии обязались обеспечить спокойствие в иерихонском анклаве; была даже отремонтирована разрушенная синагога. В местной тюрьме по соглашению с Израилем содержатся убийцы министра туризма Израиля Рехавама Зееви в 2001 году Ахмед Саадат и Фуад Шубаки. Саадат - лидер Народного фронта освобождения Палестины - был приговорен к тюремному заключению за приказ убить министра Рехавама Зееви, генерала, друга Шарона. Шубаки понес наказание за то, что по приказу Арафата приобрел партию иранского современного оружия для бойцов интифады.
При этом город по-прежнему оставался окружен израильскими армейскими блокпостами, казино, пострадавшее в ходе военных действий, закрылось, иностранные туристы и израильтяне в Иерихоне перестали появляться. Археологические раскопки не проводятся с 1994 года
Израильтяне официально вернули контроль над Иерихоном властям Палестинской автономии в марте 2005 года.
Согласно достигнутым договоренностям, израильская армия сохранила свои позиции вдоль ведущего к Иерихону шоссе и на большинстве окружающих его блокпостов. По требованию палестинцев, один контрольно-пропускной пункт был перемещен таким образом, чтобы предоставить жителям города возможность свободного доступа в административный центр Западного берега Рамаллах.
Примечательно, что до последнего момента переговоры находились на грани срыва. Дестабилизировал ситуацию президент ПНА Махмуд Аббас, который объявил, что после ухода израильтян он выпустит из тюрьмы Саадата и Шубаки. Это стало настоящей провокацией для Израиля.
Однако позже выяснилось, что Аббас скорее пытался смягчить наиболее радикальных представителей палестинцев, которые соглашались обменять перемирие лишь на освобождение тысяч палестинских заключенных под международные гарантии.
Убийцы Зееви тогда остались в тюрьме под наблюдением представителей США и Великобритании, фактически, исполняющих роль охраны.