Бывший офицер ФСБ Александр Литвиненко, получивший политическое убежище в Великобритании и опекаемый Борисом Березовским, не раз упоминал генерала Трофимова в своих воспоминаниях. Трофимов тогда служил начальником УФСБ по Москве и Московской области. Так, в книге "Вызываю себя на допрос", вышедшей американском издательстве "Грани" (отрывки были опубликованы в "Новой газете" ) он описывает эпизод расследования по делу Листьева, в который были вовлечены высокопоставленные действующие лица:
- В этот день шли поминки по Владу. Он жил на Новокузнецкой, рядом с клубом. И тут перед клубом появилась камера НТВ. Видимо, ждали, когда Березовского в наручниках выведут как подозреваемого в убийстве. Собралась толпа.
Я позвонил и доложил Трофимову:
- Анатолий Васильевич, это провокация, а не следственное действие. Стоит камера НТВ, восемь автоматчиков поведут Березовского... Можно было со двора заехать, а они машины демонстративно поставили на улице.
<...>Он мне: "Ни в коем случае Березовского в наручниках не дать вывести. Они что, хотят беспорядки устроить в Москве? Я сейчас пришлю людей". Прислал человек двадцать с автоматами из Московского управления. Приехал следователь, допросил Березовского в "Логовазе", и вопрос был решен.<...>
А мною потом были получены оперативные данные, что весь этот цирк с арестом Березовского был устроен Коржаковым - К Березовскому должны были применить психотропное средство и до понедельника выбить показания о том, что убийство Листьева организовал он. За арестом Березовского под камеру НТВ стоял Коржаков.<...>
Литвиненко утверждает, что к расследованию убийства Листьева Коржаков имел самое непосредственное отношение:
- "Стрелка" была назначена у Коржакова в кабинете. Участвовали Березовский, Бадри, Коржаков и Шамиль Тарпищев. Речь шла об ОРТ. Они в ультимативной форме потребовали от Березовского и Бадри отдать Шамилю весь спортивный блок, чтобы Тарпищев там рекламу ставил, деньги получал. С этой встречи, как я понял, началась война между Коржаковым и Березовским. Короче, этот наезд показал, что у коржаковской команды был интерес на ТВ и мотив против Листьева. А в 1998 году я получил прямое подтверждение, что Листьева заказал Коржаков.
Литвиненко утверждает, что эти сведения он получил из личной беседы с заместителем директора ФСБ Трофимовым. Якобы то же самое Трофимов рассказал и Березовскому.
- За месяц до ареста мне позвонили из Генеральной прокуратуры. Человек представился следователем Ширани Эльсултановым и вызвал меня на допрос в качестве свидетеля по убийству Листьева. Я написал все то, что мне рассказал Трофимов. Ширани спросил: "И вы это подпишите?" Я ответил: "Конечно, подпишу. И прошу поехать со мной, изъять кассету с записью этого разговора". Он отказался. <...> Говорю: "Хорошо, позвоните Трофимову, давайте очную ставку с Трофимовым". Ширани сказал: "Он от очной ставки отказался". Я просто очумел: "Хорошо, а как мне быть? Давайте, я вам сам эту пленку принесу". <...> "Не надо, не приносите".
В другой своей книге книге "ФСБ взрывает Россию" Литвиненко рассказал подробности странных взаимоотношений офицеров ФСБ и боевиков банды Лазовского (ОПГ Лазовского обвинялась в организации террористических актов и заказных убийств в Москве, а спецслужбы снабжали боевиков документами прикрытия. Банда Лазовского была причастна к взрывам осенью 1994 года на железнодорожном мосту перегона Ростокино-Владыкино, и к взрыву в пассажирском автобусе у станции метро ВДНХ. В террактах усмотрели чеченский след, поскольку произошли они накануне первого вторжения федеральных войск в Чечню.
В ноябре 1996 года покойный депутат Государственной Думы Юрий Щекочихин в своем запросе директору ФСБ, министру внутренних дел, генеральному прокурору и руководителю администрации президента потребовал объяснений о связях банды Лазовского и правоохранительных органов.
По словам Литвиненко, единственной жертвой депутатского запроса Щекочихина стал начальник Московского УФСБ, заместитель директора ФСБ России Анатолий Трофимов, отстраненный от должности в феврале 1997 года. Пресс-секретарь президента России Сергей Ястржембский заявил, что Трофимова отстранили "за грубые нарушения, вскрытые проверкой Счетной палаты РФ, и упущения в служебной деятельности".
Согласно другой версии Трофимова уволили как раз за то, что он попытался разобраться в сути запроса Щекочихина. Рассказывают, что, прочитав запрос, Трофимов вызвал к себе одного из замов и приказал ему подготовить бумаги на увольнение всех упомянутых в нем сотрудников. Тот отказался. Трофимов предложил ему написать заявление об уходе. И в результате уволили самого Трофимова, воспользовавшись скандалом, вызванным арестом двух подчиненных Трофимова. Они были арестованы МУРом и Главным управлением по незаконному обороту наркотиков за торговлю кокаином. Кроме того, Трофимову поставили в вину тот факт, что его управление активно сотрудничало с коммерческими банками.
Трофимов был уволен через два дня после того, как СМИ сообщили о задержании наркодельцов со служебными удостоверениями офицеров Московского УФСБ.