Расследование этого убийства шло 10 лет, однако правоохранительные органы так и не дали ответа на вопрос, кто убил священника. Дело было закрыто. Были арестованы двое подозреваемых в убийстве Меня. Однако оба они были признаны невиновными. Согласно официальной версии, священник был убит топором. Не смотря на то, что еще в начале 90-ых предлагалось исследовать возможность подобного убийства не топором, а саперной лопаткой, сопоставить варианты не удалось. Топор был утерян Московской областной прокуратурой. В прессе звучали версии и о возможной причастности спецслужб к убийству Меня.
21 марта 2000 года изуверски был убит иеромонах Григорий (Яковлев), настоятель Свято-Троицкого храма в поселке Тура Эвенкийского АО Красноярского края. Убийца - Руслан Любецкий, причислявший себя к "Обществу сознания Кришны". Следствие признало его маньяком-одиночкой.
26 декабря того же 2000 года произошло убийство настоятеля Крестовой церкви в Новодевичьем монастыре игумена Лазаря (Солнышко).
В 1991 году, 2 февраля был убит игумен Серафим (Шлыков).
В апреле 1993 года в Оптиной пустыни погибли иеромонах Василий (Рослянов) и иноки Трофим (Татарников) и Ферапонт (Пушкарев). Трагедия в Оптиной пустыни и гибель трех монахов произошла от рук безумца, в руках у которого был нож с выгравированным на нем "числом зверя" - 666.
26 июля 2005 года в Подмосковье был убит настоятель Вознесенской Давидовой пустыни, благочинный церквей Чеховского района Московской области архимандрит Герман. Тело отца Германа было найдено в келье монастыря в подмосковном поселке Новый Быт, он скончался от черепно-мозговой травмы, руки архимандрита были связаны, его пытали. Его личные вещи были разбросаны по келье, а стоявший там же сейф – вскрыт. Отца Германа могли убить из корысти, однако эту версию позже отвергли - хранившиеся в его келье деньги, а также золотые кресты с бриллиантами остались на месте. Следствие рассматривало и вторую версию – о том, что архимандрит "мог стать жертвой мести со стороны одного из своих бывших подопечных, которые были отлучены от церкви".
Похожие случаи известны – в августе 2003 года настоятель Водлозерской Ильинской пустыни отец Hил был убит послушником, которого он застал за курением и изгнал из скита.
В 1996 году в Чечне пропал без вести священник Анатолий Чистоусов. Отец Анатолий был настоятелем Михаило-Архангельского храма города Грозного и благочинным православных церквей Чеченской республики. 29 января 1996 года он был захвачен в плен группой боевиков под командованием Ахмеда Закаева. Затем находился в лагере так называемого "департамента шариатской госбезопасности ЧРИ" в Старом Ачхое, где подвергался пыткам. 14 февраля 1996 года отец Анатолий был расстрелян.
В 1997 году убит настоятель храма Рождества Богородицы во Владикавказе отец Мануил (Марат Буранцев).
23 сентября того же года убит священник Георгий Зяблицев, сотрудник Отдела внешних церковных сношений. Отец Георгий провел последнюю неделю своей жизни в итальянском городе Бозе в католическом монастыре, где проходила конференция, посвященная вопросам экуменизма, потом вернулся в Москву. 25 сентября хозяйка квартиры, которую арендовал для священника ОВЦС, обнаружила тело отца Георгия. Смерть наступила от многочисленных ножевых ран.
Однако наиболее частый мотив нападения на священнослужителей – попытка ограбления церкви. За последние пять лет в России разграблены более 1000 церквей. 35 000 икон объявлены в розыск. Чтобы уберечь свои храмы, православные священники берутся за оружие.
В июне 2004 года настоятель церкви в деревне Ильинское Ярославской области отец Геннадий был ранен в грудь при попытке взлома церкви вооруженными грабителями. Священнику удалось отстоять церковное имущество, поскольку он и сам был вооружен охотничьим ружьем. Отец Геннадий продолжал перестрелку с бандитами, пока они не убежали к поджидавшей их неподалеку машине. Когда к месту ночного боя у церкви прибыла вызванная о. Геннадием милиция, налетчики уже скрылысь.
Гораздо более трагично закончилась жизнь священика Тверской епархии 31-летнего Андрея Николаева и троих его детей. В начале декабря 2006 года они заживо сгорели в доме, в котором жили. В октябре священник через средства массовой информации уже просил о помощи и защите, так как местные жители несколько раз грабили церковь, а вырученные деньги пропивали. Священник пытался сам охранять храм с ружьем, так как пьяницы не раз покушались на иконы и церковную утварь. Почти все жители деревни Прямухино, где служил отец Андрей, алкоголики. Отцу Андрею и его приходу угрожали, а его дом уже однажды поджигали.